Ngày 15/9/2009, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng ban hành Nghị định số 77/2009/NĐ-CP quy định chức năng nhiệm vụ quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Công an. Theo đó, Bộ Công an kiện toàn lại tổ chức của Bộ và như vậy Tổng cục An ninh nhân dân được tách ra thành hai Tổng cục:Tổng cục An ninh 1 và Tổng cục An ninh 2.
Ngày 17/11/2014, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng ban hành Nghị định số 106/NĐ-CP/2014 quy định chức năng nhiệm vụ quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Công an. Theo đó, Tổng cục An ninh được hình thành trên cơ sở sáp nhập của hai Tổng cục là Tổng cục An ninh 1 và Tổng cục An ninh 2.[2][3][4]
Ngày 6 tháng 8 năm 2018, Thủ tướng Chính phủ Việt Nam Nguyễn Xuân Phúc đã ký ban hành Nghị định 01 có hiệu lực cùng ngày quy định chức năng nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Công an, theo đó Bộ Công an không còn cấp Tổng cục.
